


<!DOCTYPE html>
<!--[if IE 8]><html class="no-js lt-ie9" lang="en" > <![endif]-->
<!--[if gt IE 8]><!--> <html class="no-js" lang="en" > <!--<![endif]-->
<head>
  <meta charset="utf-8">
  
  <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
  
  <title>Index &mdash; pysimm 0.2 documentation</title>
  

  
  

  

  
  
    

  

  
  
    <link rel="stylesheet" href="_static/css/theme.css" type="text/css" />
  

  

  
    <link rel="top" title="pysimm 0.2 documentation" href="index.html"/> 

  
  <script src="_static/js/modernizr.min.js"></script>

</head>

<body class="wy-body-for-nav" role="document">

  <div class="wy-grid-for-nav">

    
    <nav data-toggle="wy-nav-shift" class="wy-nav-side">
      <div class="wy-side-scroll">
        <div class="wy-side-nav-search">
          

          
            <a href="index.html" class="icon icon-home"> pysimm
          

          
          </a>

          
            
            
              <div class="version">
                0.2
              </div>
            
          

          
<div role="search">
  <form id="rtd-search-form" class="wy-form" action="search.html" method="get">
    <input type="text" name="q" placeholder="Search docs" />
    <input type="hidden" name="check_keywords" value="yes" />
    <input type="hidden" name="area" value="default" />
  </form>
</div>

          
        </div>

        <div class="wy-menu wy-menu-vertical" data-spy="affix" role="navigation" aria-label="main navigation">
          
            
            
                <ul>
<li class="toctree-l1"><a class="reference internal" href="pysimm.html">pysimm package</a></li>
</ul>

            
          
        </div>
      </div>
    </nav>

    <section data-toggle="wy-nav-shift" class="wy-nav-content-wrap">

      
      <nav class="wy-nav-top" role="navigation" aria-label="top navigation">
        <i data-toggle="wy-nav-top" class="fa fa-bars"></i>
        <a href="index.html">pysimm</a>
      </nav>


      
      <div class="wy-nav-content">
        <div class="rst-content">
          





<div role="navigation" aria-label="breadcrumbs navigation">
  <ul class="wy-breadcrumbs">
    <li><a href="index.html">Docs</a> &raquo;</li>
      
    <li></li>
      <li class="wy-breadcrumbs-aside">
        
          
        
      </li>
  </ul>
  <hr/>
</div>
          <div role="main" class="document" itemscope="itemscope" itemtype="http://schema.org/Article">
           <div itemprop="articleBody">
            

<h1 id="index">Index</h1>

<div class="genindex-jumpbox">
 <a href="#A"><strong>A</strong></a>
 | <a href="#B"><strong>B</strong></a>
 | <a href="#C"><strong>C</strong></a>
 | <a href="#D"><strong>D</strong></a>
 | <a href="#E"><strong>E</strong></a>
 | <a href="#F"><strong>F</strong></a>
 | <a href="#G"><strong>G</strong></a>
 | <a href="#I"><strong>I</strong></a>
 | <a href="#K"><strong>K</strong></a>
 | <a href="#L"><strong>L</strong></a>
 | <a href="#M"><strong>M</strong></a>
 | <a href="#N"><strong>N</strong></a>
 | <a href="#O"><strong>O</strong></a>
 | <a href="#P"><strong>P</strong></a>
 | <a href="#Q"><strong>Q</strong></a>
 | <a href="#R"><strong>R</strong></a>
 | <a href="#S"><strong>S</strong></a>
 | <a href="#T"><strong>T</strong></a>
 | <a href="#U"><strong>U</strong></a>
 | <a href="#V"><strong>V</strong></a>
 | <a href="#W"><strong>W</strong></a>
 | <a href="#X"><strong>X</strong></a>
 | <a href="#Y"><strong>Y</strong></a>
 | <a href="#Z"><strong>Z</strong></a>
 
</div>
<h2 id="A">A</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Angle.a">a (pysimm.system.Angle attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Bond.a">(pysimm.system.Bond attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dihedral.a">(pysimm.system.Dihedral attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Improper.a">(pysimm.system.Improper attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.add">add() (pysimm.lmps.Simulation method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.add">(pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.utils.html#pysimm.utils.ItemContainer.add">(pysimm.utils.ItemContainer method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.add_angle">add_angle() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.add_bond">add_bond() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.add_custom">add_custom() (pysimm.lmps.Simulation method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.add_dihedral">add_dihedral() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.Cassandra.add_gcmc">add_gcmc() (pysimm.cassandra.Cassandra method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.add_improper">add_improper() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.add_md">add_md() (pysimm.lmps.Simulation method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.add_min">add_min() (pysimm.lmps.Simulation method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.Cassandra.add_npt_mc">add_npt_mc() (pysimm.cassandra.Cassandra method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.Cassandra.add_nvt">add_nvt() (pysimm.cassandra.Cassandra method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.add_particle">add_particle() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.add_particle_bonded_to">add_particle_bonded_to() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.add_particle_bonding">add_particle_bonding() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.add_qeq">add_qeq() (pysimm.lmps.Simulation method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.Cassandra.add_simulation">add_simulation() (pysimm.cassandra.Cassandra method)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Angle">Angle (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#pysimm.calc.angle">angle() (in module pysimm.calc)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Angle.angle">(pysimm.system.Angle method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.angle_style">angle_style (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.angle_style">(pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.angle_types">angle_types (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.angle_types">(pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.angles">angles (pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.AngleType">AngleType (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.apply_charges">apply_charges() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.apply_forcefield">apply_forcefield() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="complete_install.html#complete_install.apt_install">apt_install() (in module complete_install)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="complete_install.html#complete_install.apt_update">apt_update() (in module complete_install)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding.assign_atypes">assign_atypes() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#pysimm.forcefield.gaff.Gaff.assign_atypes">(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.assign_atypes">(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff.assign_atypes">(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p.assign_atypes">(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding.assign_btypes">assign_btypes() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#pysimm.forcefield.gaff.Gaff.assign_btypes">(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.assign_btypes">(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff.assign_btypes">(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p.assign_btypes">(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding.assign_charges">assign_charges() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#pysimm.forcefield.gaff.Gaff.assign_charges">(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.assign_charges">(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff.assign_charges">(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p.assign_charges">(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding.assign_dtypes">assign_dtypes() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#pysimm.forcefield.gaff.Gaff.assign_dtypes">(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.assign_dtypes">(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff.assign_dtypes">(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p.assign_dtypes">(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding.assign_itypes">assign_itypes() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#pysimm.forcefield.gaff.Gaff.assign_itypes">(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.assign_itypes">(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff.assign_itypes">(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p.assign_itypes">(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding.assign_ptypes">assign_ptypes() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#pysimm.forcefield.gaff.Gaff.assign_ptypes">(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.assign_ptypes">(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff.assign_ptypes">(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p.assign_ptypes">(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.atom_style">atom_style (pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="B">B</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Angle.b">b (pysimm.system.Angle attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Bond.b">(pysimm.system.Bond attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dihedral.b">(pysimm.system.Dihedral attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Improper.b">(pysimm.system.Improper attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Bond">Bond (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.bond_style">bond_style (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.bond_style">(pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.bond_types">bond_types (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.bond_types">(pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.bonds">bonds (pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.BondType">BondType (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="C">C</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Angle.c">c (pysimm.system.Angle attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dihedral.c">(pysimm.system.Dihedral attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Improper.c">(pysimm.system.Improper attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.amber.html#pysimm.amber.calc_charges">calc_charges() (in module pysimm.amber)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.call_lammps">call_lammps() (in module pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.Cassandra">Cassandra (class in pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.center">center() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.center_at_origin">center_at_origin() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.center_system">center_system() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.charge">charge (pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Particle.charge">(pysimm.system.Particle attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.check">check() (pysimm.system.Dimension method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Particle.check">(pysimm.system.Particle method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.check_cs_exec">check_cs_exec() (in module pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.check_forcefield">check_forcefield() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.check_items">check_items() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.check_lmps_attr">check_lmps_attr() (in module pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.check_lmps_exec">check_lmps_exec() (in module pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McSystem.chem_pot">chem_pot (pysimm.cassandra.McSystem attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#pysimm.calc.chiral_angle">chiral_angle() (in module pysimm.calc)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.amber.html#pysimm.amber.cleanup_antechamber">cleanup_antechamber() (in module pysimm.amber)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.compare">compare() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.utils.html#pysimm.utils.compare">(in module pysimm.utils)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="complete_install.html#module-complete_install">complete_install (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.consolidate_types">consolidate_types() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.utils.html#pysimm.utils.Container">Container (class in pysimm.utils)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Particle.coords">coords() (pysimm.system.Particle method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.random_walk.html#pysimm.apps.random_walk.copolymer">copolymer() (in module pysimm.apps.random_walk)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.copy">copy() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.utils.html#pysimm.utils.Item.copy">(pysimm.utils.Item method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.CreateBox">CreateBox (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.custom">custom (pysimm.lmps.Simulation attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.CustomInput.custom_input">custom_input (pysimm.lmps.CustomInput attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.CustomInput">CustomInput (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.cutoff">cutoff (pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Qeq.cutoff">(pysimm.lmps.Qeq attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="D">D</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dihedral.d">d (pysimm.system.Dihedral attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.DihedralType.d">(pysimm.system.DihedralType attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Improper.d">(pysimm.system.Improper attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.LogFile.data">data (pysimm.lmps.LogFile attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.debug">debug (pysimm.lmps.Simulation attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.html#pysimm.debug_print">debug_print() (in module pysimm)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Particle.delete_bonding">delete_bonding() (pysimm.system.Particle method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dihedral">Dihedral (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.dihedral_style">dihedral_style (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.dihedral_style">(pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.dihedral_types">dihedral_types (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.dihedral_types">(pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.dihedrals">dihedrals (pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.DihedralType">DihedralType (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.dim">dim (pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension">Dimension (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#pysimm.calc.distance">distance() (in module pysimm.calc)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Bond.distance">(pysimm.system.Bond method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.distance">(pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.distance_to_origin">distance_to_origin() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Minimization.dmax">dmax (pysimm.lmps.Minimization attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding">Dreiding (class in pysimm.forcefield.dreiding)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.OutputSettings.dump">dump (pysimm.lmps.OutputSettings attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.dx">dx (pysimm.system.Dimension attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.dy">dy (pysimm.system.Dimension attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.dz">dz (pysimm.system.Dimension attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="E">E</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.ParticleType.elem">elem (pysimm.system.ParticleType attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McfWriter.empty_line">empty_line (pysimm.cassandra.McfWriter attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.energy">energy() (in module pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.enqueue_output">enqueue_output() (in module pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.ensemble">ensemble (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.ParticleType.epsilon">epsilon (pysimm.system.ParticleType attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.equilibrate.html#pysimm.apps.equilibrate.equil">equil() (in module pysimm.apps.equilibrate)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.html#pysimm.error_print">error_print() (in module pysimm)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Minimization.etol">etol (pysimm.lmps.Minimization attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.extra_keywords">extra_keywords (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="F">F</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding.ff_class">ff_class (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.ff_class">(pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#pysimm.forcefield.gaff.Gaff.ff_class">(pysimm.forcefield.gaff.Gaff attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.ff_class">(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff.ff_class">(pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p.ff_class">(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding.ff_name">ff_name (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.ff_name">(pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#pysimm.forcefield.gaff.Gaff.ff_name">(pysimm.forcefield.gaff.Gaff attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.ff_name">(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff.ff_name">(pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p.ff_name">(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McfWriter.file_ref">file_ref (pysimm.cassandra.McfWriter attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.random_walk.html#pysimm.apps.random_walk.find_last_backbone_vector">find_last_backbone_vector() (in module pysimm.apps.random_walk)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#pysimm.calc.find_rotation">find_rotation() (in module pysimm.calc)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.LogFile.fname">fname (pysimm.lmps.LogFile attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield">Forcefield (class in pysimm.forcefield.forcefield)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.forcefield">forcefield (pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.forcefield">(pysimm.lmps.Simulation attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#pysimm.calc.frac_free_volume">frac_free_volume() (in module pysimm.calc)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.from_json">from_json() (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.from_xml">from_xml() (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Minimization.ftol">ftol (pysimm.lmps.Minimization attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="G">G</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#pysimm.forcefield.gaff.Gaff">Gaff (class in pysimm.forcefield.gaff)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2">Gaff2 (class in pysimm.forcefield.gaff2)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.GCMC">GCMC (class in pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.utils.html#pysimm.utils.ItemContainer.get">get() (pysimm.utils.ItemContainer method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.amber.html#pysimm.amber.get_forcefield_types">get_forcefield_types() (in module pysimm.amber)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Bond.get_other_particle">get_other_particle() (pysimm.system.Bond method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.get_types">get_types() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Group">Group (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.group">group (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Velocity.group">(pysimm.lmps.Velocity attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.MCSimulation.group_by_id">group_by_id() (pysimm.cassandra.MCSimulation method)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="I">I</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Improper">Improper (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.improper_style">improper_style (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.improper_style">(pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.improper_types">improper_types (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.improper_types">(pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.impropers">impropers (pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.ImproperType">ImproperType (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init">Init (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.MCSimulation.init_sst">init_sst (pysimm.cassandra.MCSimulation attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.InpProbSpec">InpProbSpec (class in pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.InpSpec">InpSpec (class in pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.input">input (pysimm.lmps.Simulation attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="complete_install.html#complete_install.install_ambertools">install_ambertools() (in module complete_install)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="complete_install.html#complete_install.install_lammps">install_lammps() (in module complete_install)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="complete_install.html#complete_install.install_openbabel">install_openbabel() (in module complete_install)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="complete_install.html#complete_install.install_pysimm">install_pysimm() (in module complete_install)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#pysimm.calc.intersection">intersection() (in module pysimm.calc)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.utils.html#pysimm.utils.Item">Item (class in pysimm.utils)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.utils.html#pysimm.utils.ItemContainer">ItemContainer (class in pysimm.utils)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="K">K</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.AngleType.k">k (pysimm.system.AngleType attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.BondType.k">(pysimm.system.BondType attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.DihedralType.k">(pysimm.system.DihedralType attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.ImproperType.k">(pysimm.system.ImproperType attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.kspace_style">kspace_style (pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="L">L</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.limit">limit (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.polymatic.html#pysimm.apps.polymatic.lmps_cycle_npt_md">lmps_cycle_npt_md() (in module pysimm.apps.polymatic)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.polymatic.html#pysimm.apps.polymatic.lmps_cycle_nvt_md">lmps_cycle_nvt_md() (in module pysimm.apps.polymatic)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.polymatic.html#pysimm.apps.polymatic.lmps_min">lmps_min() (in module pysimm.apps.polymatic)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.apps.polymatic.html#pysimm.apps.polymatic.lmps_step_md">lmps_step_md() (in module pysimm.apps.polymatic)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.log">log (pysimm.lmps.Simulation attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.LogFile">LogFile (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="M">M</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.make_iterable">make_iterable() (in module pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.make_linker_types">make_linker_types() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.make_new_bonds">make_new_bonds() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McSystem.make_system">make_system() (pysimm.cassandra.McSystem method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Qeq.max_iter">max_iter (pysimm.lmps.Qeq attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Minimization.maxiter">maxiter (pysimm.lmps.Minimization attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.mc_md.html#pysimm.apps.mc_md.mc_md">mc_md() (in module pysimm.apps.mc_md)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.MCSimulation.mc_sst">mc_sst (pysimm.cassandra.MCSimulation attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McfWriter.mcf_tags">mcf_tags (pysimm.cassandra.McfWriter attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McfWriter">McfWriter (class in pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.MCSimulation">MCSimulation (class in pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McSystem">McSystem (class in pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Minimization.min_style">min_style (pysimm.lmps.Minimization attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Minimization">Minimization (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="complete_install.html#complete_install.mkdir_p">mkdir_p() (in module complete_install)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics">MolecularDynamics (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Molecule">Molecule (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.molecules">molecules (pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.pe.html#pysimm.models.monomers.dreiding.pe.monomer">monomer() (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pe)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.pmma.html#pysimm.models.monomers.dreiding.pmma.monomer">(in module pysimm.models.monomers.dreiding.pmma)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.ps.html#pysimm.models.monomers.dreiding.ps.monomer">(in module pysimm.models.monomers.dreiding.ps)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff.pe.html#pysimm.models.monomers.gaff.pe.monomer">(in module pysimm.models.monomers.gaff.pe)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff.pmma.html#pysimm.models.monomers.gaff.pmma.monomer">(in module pysimm.models.monomers.gaff.pmma)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff.ps.html#pysimm.models.monomers.gaff.ps.monomer">(in module pysimm.models.monomers.gaff.ps)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff2.pe.html#pysimm.models.monomers.gaff2.pe.monomer">(in module pysimm.models.monomers.gaff2.pe)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff2.pmma.html#pysimm.models.monomers.gaff2.pmma.monomer">(in module pysimm.models.monomers.gaff2.pmma)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff2.ps.html#pysimm.models.monomers.gaff2.ps.monomer">(in module pysimm.models.monomers.gaff2.ps)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="N">N</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.CreateBox.n">n (pysimm.lmps.CreateBox attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.DihedralType.n">(pysimm.system.DihedralType attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Group.name">name (pysimm.lmps.Group attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.name">(pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Region.name">(pysimm.lmps.Region attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.name">(pysimm.lmps.Simulation attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.AngleType.name">(pysimm.system.AngleType attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.BondType.name">(pysimm.system.BondType attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.DihedralType.name">(pysimm.system.DihedralType attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.ImproperType.name">(pysimm.system.ImproperType attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.ParticleType.name">(pysimm.system.ParticleType attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff.nb_mixing">nb_mixing (pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.NPT">NPT (class in pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.NVT">NVT (class in pysimm.cassandra)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="O">O</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.objectify">objectify() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.OutputSettings">OutputSettings (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="P">P</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.apps.polymatic.html#pysimm.apps.polymatic.pack">pack() (in module pysimm.apps.polymatic)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.pair_modify">pair_modify (pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding.pair_style">pair_style (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#pysimm.forcefield.gaff.Gaff.pair_style">(pysimm.forcefield.gaff.Gaff attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2.pair_style">(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff.pair_style">(pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p.pair_style">(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.pair_style">(pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="complete_install.html#complete_install.parse_args">parse_args() (in module complete_install)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Particle">Particle (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.particle_types">particle_types (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.particle_types">(pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.particles">particles (pysimm.system.System attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.ParticleType">ParticleType (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#pysimm.calc.pbc_distance">pbc_distance() (in module pysimm.calc)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#pysimm.forcefield.pcff.Pcff">Pcff (class in pysimm.forcefield.pcff)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.polymatic.html#pysimm.apps.polymatic.polymatic">polymatic() (in module pysimm.apps.polymatic)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.pe.html#pysimm.models.monomers.dreiding.pe.polymer_chain">polymer_chain() (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pe)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.pmma.html#pysimm.models.monomers.dreiding.pmma.polymer_chain">(in module pysimm.models.monomers.dreiding.pmma)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.ps.html#pysimm.models.monomers.dreiding.ps.polymer_chain">(in module pysimm.models.monomers.dreiding.ps)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff.pe.html#pysimm.models.monomers.gaff.pe.polymer_chain">(in module pysimm.models.monomers.gaff.pe)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff.pmma.html#pysimm.models.monomers.gaff.pmma.polymer_chain">(in module pysimm.models.monomers.gaff.pmma)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff.ps.html#pysimm.models.monomers.gaff.ps.polymer_chain">(in module pysimm.models.monomers.gaff.ps)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff2.pe.html#pysimm.models.monomers.gaff2.pe.polymer_chain">(in module pysimm.models.monomers.gaff2.pe)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff2.pmma.html#pysimm.models.monomers.gaff2.pmma.polymer_chain">(in module pysimm.models.monomers.gaff2.pmma)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff2.ps.html#pysimm.models.monomers.gaff2.ps.polymer_chain">(in module pysimm.models.monomers.gaff2.ps)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.pe.html#pysimm.models.monomers.dreiding.pe.polymer_system">polymer_system() (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pe)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.poreblazer.html#pysimm.apps.poreblazer.pore">pore() (in module pysimm.apps.poreblazer)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.pressure">pressure (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.print_to_screen">print_to_screen (pysimm.lmps.Simulation attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.poreblazer.html#pysimm.apps.poreblazer.psd">psd() (in module pysimm.apps.poreblazer)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.html#module-pysimm">pysimm (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.amber.html#module-pysimm.amber">pysimm.amber (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.html#module-pysimm.apps">pysimm.apps (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.equilibrate.html#module-pysimm.apps.equilibrate">pysimm.apps.equilibrate (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.mc_md.html#module-pysimm.apps.mc_md">pysimm.apps.mc_md (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.polymatic.html#module-pysimm.apps.polymatic">pysimm.apps.polymatic (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.poreblazer.html#module-pysimm.apps.poreblazer">pysimm.apps.poreblazer (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.random_walk.html#module-pysimm.apps.random_walk">pysimm.apps.random_walk (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#module-pysimm.calc">pysimm.calc (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#module-pysimm.cassandra">pysimm.cassandra (module)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.cli.html#module-pysimm.cli">pysimm.cli (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.html#module-pysimm.forcefield">pysimm.forcefield (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.dreiding.html#module-pysimm.forcefield.dreiding">pysimm.forcefield.dreiding (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#module-pysimm.forcefield.forcefield">pysimm.forcefield.forcefield (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff.html#module-pysimm.forcefield.gaff">pysimm.forcefield.gaff (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gaff2.html#module-pysimm.forcefield.gaff2">pysimm.forcefield.gaff2 (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gasteiger.html#module-pysimm.forcefield.gasteiger">pysimm.forcefield.gasteiger (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.pcff.html#module-pysimm.forcefield.pcff">pysimm.forcefield.pcff (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#module-pysimm.forcefield.tip3p">pysimm.forcefield.tip3p (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#module-pysimm.lmps">pysimm.lmps (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.html#module-pysimm.models">pysimm.models (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.html#module-pysimm.models.monomers">pysimm.models.monomers (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.html#module-pysimm.models.monomers.dreiding">pysimm.models.monomers.dreiding (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.pe.html#module-pysimm.models.monomers.dreiding.pe">pysimm.models.monomers.dreiding.pe (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.pmma.html#module-pysimm.models.monomers.dreiding.pmma">pysimm.models.monomers.dreiding.pmma (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.dreiding.ps.html#module-pysimm.models.monomers.dreiding.ps">pysimm.models.monomers.dreiding.ps (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff.html#module-pysimm.models.monomers.gaff">pysimm.models.monomers.gaff (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff.pe.html#module-pysimm.models.monomers.gaff.pe">pysimm.models.monomers.gaff.pe (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff.pmma.html#module-pysimm.models.monomers.gaff.pmma">pysimm.models.monomers.gaff.pmma (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff.ps.html#module-pysimm.models.monomers.gaff.ps">pysimm.models.monomers.gaff.ps (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff2.html#module-pysimm.models.monomers.gaff2">pysimm.models.monomers.gaff2 (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff2.pe.html#module-pysimm.models.monomers.gaff2.pe">pysimm.models.monomers.gaff2.pe (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff2.pmma.html#module-pysimm.models.monomers.gaff2.pmma">pysimm.models.monomers.gaff2.pmma (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.models.monomers.gaff2.ps.html#module-pysimm.models.monomers.gaff2.ps">pysimm.models.monomers.gaff2.ps (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#module-pysimm.system">pysimm.system (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.utils.html#module-pysimm.utils">pysimm.utils (module)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.html#pysimm.PysimmError">PysimmError</a>, <a href="pysimm.utils.html#pysimm.utils.PysimmError">[1]</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="Q">Q</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Qeq">Qeq (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.qeq">qeq() (in module pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Qeq.qfile">qfile (pysimm.lmps.Qeq attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.quality">quality() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.quick_md">quick_md() (in module pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.quick_min">quick_min() (in module pysimm.lmps)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="R">R</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.BondType.r0">r0 (pysimm.system.BondType attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#pysimm.calc.random">random() (in module pysimm.calc)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.random">(in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.apps.random_walk.html#pysimm.apps.random_walk.random_walk">random_walk() (in module pysimm.apps.random_walk)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_ac">read_ac() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_chemdoodle_json">read_chemdoodle_json() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_cml">read_cml() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.read_data">read_data (pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.Cassandra.read_input">read_input() (pysimm.cassandra.Cassandra method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_lammps">read_lammps() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.read_lammps_dump">read_lammps_dump() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.read_lammpstrj">read_lammpstrj() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_mol">read_mol() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_pdb">read_pdb() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_prepc">read_prepc() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_pubchem_cid">read_pubchem_cid() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_pubchem_smiles">read_pubchem_smiles() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.read_type_names">read_type_names() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_xyz">read_xyz() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.read_xyz">(pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.read_yaml">read_yaml() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Region">Region (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.CreateBox.region">region (pysimm.lmps.CreateBox attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.utils.html#pysimm.utils.ItemContainer.remove">remove() (pysimm.utils.ItemContainer method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.remove_linker_types">remove_linker_types() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.remove_spare_bonding">remove_spare_bonding() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.replicate">replicate() (in module pysimm.system)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.rigid">rigid (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.rotate">rotate() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#pysimm.calc.rotate_vector">rotate_vector() (in module pysimm.calc)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.run">run (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.polymatic.html#pysimm.apps.polymatic.run">run() (in module pysimm.apps.polymatic)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.Cassandra.run">(pysimm.cassandra.Cassandra method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.run">(pysimm.lmps.Simulation method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="S">S</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.utils.html#pysimm.utils.Item.set">set() (pysimm.utils.Item method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_atomic_numbers">set_atomic_numbers() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_box">set_box() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_charge">set_charge() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.gasteiger.html#pysimm.forcefield.gasteiger.set_charges">set_charges() (in module pysimm.forcefield.gasteiger)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_cog">set_cog() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_density">set_density() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_excluded_particles">set_excluded_particles() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_frac_free_volume">set_frac_free_volume() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_mass">set_mass() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_mm_dist">set_mm_dist() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_references">set_references() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_velocity">set_velocity() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.set_volume">set_volume() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.shift_particles">shift_particles() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.shift_to_origin">shift_to_origin() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.ParticleType.sigma">sigma (pysimm.system.ParticleType attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation">Simulation (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.size">size() (pysimm.system.Dimension method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.special_bonds">special_bonds (pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McSystem.sst">sst (pysimm.cassandra.McSystem attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics">SteeredMolecularDynamics (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Group.style">style (pysimm.lmps.Group attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Region.style">(pysimm.lmps.Region attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Velocity.style">(pysimm.lmps.Velocity attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.apps.poreblazer.html#pysimm.apps.poreblazer.surface">surface() (in module pysimm.apps.poreblazer)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McfWriter.syst">syst (pysimm.cassandra.McfWriter attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System">System (class in pysimm.system)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="T">T</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.calc.html#pysimm.calc.tacticity">tacticity() (in module pysimm.calc)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.temperature">temperature (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.OutputSettings.thermo">thermo (pysimm.lmps.OutputSettings attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.AngleType.theta0">theta0 (pysimm.system.AngleType attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.timestep">timestep (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.tip3p.html#pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p">Tip3p (class in pysimm.forcefield.tip3p)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.InpProbSpec.to_string">to_string() (pysimm.cassandra.InpProbSpec method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.InpSpec.to_string">(pysimm.cassandra.InpSpec method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Qeq.tol">tol (pysimm.lmps.Qeq attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.translate">translate() (pysimm.system.Dimension method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Particle.translate">(pysimm.system.Particle method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Angle.type">type (pysimm.system.Angle attribute)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Bond.type">(pysimm.system.Bond attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dihedral.type">(pysimm.system.Dihedral attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Improper.type">(pysimm.system.Improper attribute)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Particle.type">(pysimm.system.Particle attribute)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="U">U</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.unfix">unfix (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.unite_atoms">unite_atoms() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.units">units (pysimm.lmps.Init attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.unwrap">unwrap() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.MCSimulation.upd_simulation">upd_simulation() (pysimm.cassandra.MCSimulation method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.update_ff_types_from_ac">update_ff_types_from_ac() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McSystem.update_frag_record">update_frag_record() (pysimm.cassandra.McSystem method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.update_particle_types_from_forcefield">update_particle_types_from_forcefield() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McSystem.update_props">update_props() (pysimm.cassandra.McSystem method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.update_tags">update_tags() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.update_types">update_types() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="V">V</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Velocity">Velocity (class in pysimm.lmps)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.html#pysimm.verbose_print">verbose_print() (in module pysimm)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.visualize">visualize() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.viz">viz() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.apps.poreblazer.html#pysimm.apps.poreblazer.void">void() (in module pysimm.apps.poreblazer)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="W">W</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.html#pysimm.warning_print">warning_print() (in module pysimm)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.wrap">wrap() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.write">write (pysimm.lmps.Simulation attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.McfWriter.write">write() (pysimm.cassandra.McfWriter method)</a>
  </dt>

      <dd><dl>
        
  <dt><a href="pysimm.cassandra.html#pysimm.cassandra.MCSimulation.write">(pysimm.cassandra.MCSimulation method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.CreateBox.write">(pysimm.lmps.CreateBox method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.CustomInput.write">(pysimm.lmps.CustomInput method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Group.write">(pysimm.lmps.Group method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Init.write">(pysimm.lmps.Init method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Minimization.write">(pysimm.lmps.Minimization method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.MolecularDynamics.write">(pysimm.lmps.MolecularDynamics method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.OutputSettings.write">(pysimm.lmps.OutputSettings method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Qeq.write">(pysimm.lmps.Qeq method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Region.write">(pysimm.lmps.Region method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics.write">(pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics method)</a>
  </dt>

        
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Velocity.write">(pysimm.lmps.Velocity method)</a>
  </dt>

      </dl></dd>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.write_chemdoodle_json">write_chemdoodle_json() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.lmps.html#pysimm.lmps.Simulation.write_input">write_input() (pysimm.lmps.Simulation method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.write_json">write_json() (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.write_lammps">write_lammps() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.write_lammps_mol">write_lammps_mol() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.write_mol">write_mol() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.write_pdb">write_pdb() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.forcefield.forcefield.html#pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield.write_xml">write_xml() (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.write_xyz">write_xyz() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.write_yaml">write_yaml() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="X">X</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Particle.x">x (pysimm.system.Particle attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.ImproperType.x0">x0 (pysimm.system.ImproperType attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.xhi">xhi (pysimm.system.Dimension attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.xlo">xlo (pysimm.system.Dimension attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="Y">Y</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Particle.y">y (pysimm.system.Particle attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.yhi">yhi (pysimm.system.Dimension attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.ylo">ylo (pysimm.system.Dimension attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>

<h2 id="Z">Z</h2>
<table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Particle.z">z (pysimm.system.Particle attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.zero_charge">zero_charge() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.System.zero_velocity">zero_velocity() (pysimm.system.System method)</a>
  </dt>

  </dl></td>
  <td style="width: 33%" valign="top"><dl>
      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.zhi">zhi (pysimm.system.Dimension attribute)</a>
  </dt>

      
  <dt><a href="pysimm.system.html#pysimm.system.Dimension.zlo">zlo (pysimm.system.Dimension attribute)</a>
  </dt>

  </dl></td>
</tr></table>



           </div>
          </div>
          <footer>
  

  <hr/>

  <div role="contentinfo">
    <p>
        &copy; Copyright 2017, https://pysimm.org.

    </p>
  </div>
  Built with <a href="http://sphinx-doc.org/">Sphinx</a> using a <a href="https://github.com/snide/sphinx_rtd_theme">theme</a> provided by <a href="https://readthedocs.org">Read the Docs</a>. 

</footer>

        </div>
      </div>

    </section>

  </div>
  


  

    <script type="text/javascript">
        var DOCUMENTATION_OPTIONS = {
            URL_ROOT:'./',
            VERSION:'0.2',
            COLLAPSE_INDEX:false,
            FILE_SUFFIX:'.html',
            HAS_SOURCE:  true
        };
    </script>
      <script type="text/javascript" src="_static/jquery.js"></script>
      <script type="text/javascript" src="_static/underscore.js"></script>
      <script type="text/javascript" src="_static/doctools.js"></script>

  

  
  
    <script type="text/javascript" src="_static/js/theme.js"></script>
  

  
  
  <script type="text/javascript">
      jQuery(function () {
          SphinxRtdTheme.StickyNav.enable();
      });
  </script>
   

</body>
</html>